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- Deux décrets du 16 septembre 2026 entrés en vigueur le 15 octobre
- ALD exonérante ou non exonérante, une distinction devenue décisive
- Quatre situations, deux durées maximales d’indemnisation
- Les régimes concernés par la réduction
- Une mesure écartée par les députés, reprise par décret
- Ce que la réforme laisse inchangé
- Une échéance qui se rapproche pour les arrêts en cours
Depuis ce 15 octobre 2026, une partie des salariés en arrêt maladie de longue durée ne peut plus être indemnisée au-delà d’un an, contre trois ans jusqu’ici. La mesure résulte de deux décrets du 16 septembre 2026, publiés au Journal officiel du 18 septembre, et vise les assurés atteints d’une affection de longue durée non exonérante, c’est-à-dire d’une maladie justifiant un arrêt de plus de six mois sans ouvrir droit à une prise en charge à 100 %.
Les indemnités journalières sont le revenu de remplacement que l’Assurance maladie verse pendant un arrêt de travail. Leur durée de versement obéit à des plafonds, et le régime dérogatoire de trois ans permettait jusqu’à présent de couvrir les arrêts les plus longs. Qui perd ce régime, à partir de quand, et quelles situations restent régies par l’ancienne règle ?
Deux décrets du 16 septembre 2026 entrés en vigueur le 15 octobre
Le décret n° 2026-866 du 16 septembre 2026 est relatif à la durée maximale dérogatoire d’indemnisation pour arrêt de travail et à la sanction des abus. Il abaisse de trois ans à un an la durée maximale dérogatoire pour les assurés du régime général, du régime agricole ainsi que pour les clercs et employés de notaire.
À lireVente anticipée d’un immeuble saisi : la réserve posée par le Conseil constitutionnel le 8 octobre 2026Le second texte, le décret n° 2026-867 du même jour, étend ces dispositions à d’autres publics. Trois dates se distinguent : les textes sont datés du 16 septembre, publiés le 18 septembre, et la nouvelle durée s’applique à compter du 15 octobre 2026.
Le premier décret comporte aussi un volet consacré aux abus. Selon la Fédération hospitalière de France, la possibilité de sanctionner un assuré qui obtiendrait des prescriptions d’arrêt injustifiées s’applique depuis le 19 septembre 2026, soit près d’un mois avant la réduction de durée. Encore faut-il savoir de quel côté de la frontière entre affections exonérantes et non exonérantes se situe chaque assuré.
ALD exonérante ou non exonérante, une distinction devenue décisive
Une affection de longue durée exonérante couvre une maladie grave évoluant depuis plus de six mois et nécessitant un traitement coûteux : les soins sont pris en charge au maximum remboursable. Pour ces assurés, la durée de versement des indemnités journalières reste fixée à trois ans au plus.
L’affection non exonérante justifie un arrêt de plus de six mois, sans traitement coûteux, et ses soins sont remboursés aux taux habituels de l’Assurance maladie. Selon les chiffres de l’évaluation préalable du projet de loi de financement de la sécurité sociale pour 2026, repris par Handicap.fr, 401 000 personnes relevant de cette catégorie ont bénéficié d’un arrêt en 2023. Service-Public précise que le médecin traitant ou le service médical de la caisse peut indiquer dans quelle catégorie se situe un assuré, ce qui conditionne la durée applicable à chaque situation.
Quatre situations, deux durées maximales d’indemnisation
Le régime applicable dépend de la nature de l’affection et de l’ancienneté de l’arrêt au 15 octobre 2026. Le tableau ci-dessous rapproche les situations décrites par Service-Public et la règle de droit commun rappelée lors des débats parlementaires.
| Situation de l’assuré | Durée maximale d’indemnisation | Règle applicable |
|---|---|---|
| ALD exonérante, prise en charge à 100 % | 3 ans | Inchangée |
| ALD non exonérante, arrêt prescrit à compter du 15 octobre 2026 | 1 an | Nouvelle règle |
| ALD non exonérante, arrêt en cours atteignant 6 mois après le 15 octobre 2026 | 1 an | Nouvelle règle |
| ALD non exonérante, arrêt en cours depuis plus de 6 mois au 15 octobre 2026 | 3 ans | Ancienne règle maintenue |
| Arrêt hors affection de longue durée | 360 jours d’indemnités sur 3 ans | Droit commun |
Le critère des six mois se lit à partir de la date de début de l’arrêt. Un arrêt commencé le 1er avril 2026 atteint six mois le 1er octobre 2026, avant l’entrée en vigueur, et reste donc soumis au plafond de trois ans. Un arrêt commencé le 1er juin 2026 n’atteint ce seuil que le 1er décembre 2026, après le 15 octobre : il relève de la durée d’un an.
À lireCour d’assises : le Conseil constitutionnel valide l’audition sans serment ordonnée par le président (décision du 1er octobre 2026)Pour ouvrir une nouvelle période d’indemnisation d’un an au titre de la même maladie, l’assuré devra avoir repris son travail pendant au moins un an. Cette condition de reprise vaut pour l’ensemble des publics visés par les deux décrets.
Les régimes concernés par la réduction
La mesure ne se limite pas aux salariés du secteur privé. Les deux décrets couvrent la plupart des régimes d’assurance maladie, dans des termes identiques :
- les assurés du régime général de la sécurité sociale ;
- les assurés du régime agricole ;
- les clercs et employés de notaire ;
- les travailleurs indépendants ;
- les fonctionnaires de l’État et les magistrats ;
- les ministres des cultes.
Pour les agents publics, la Fédération hospitalière de France relève que seules les règles d’indemnisation du code de la sécurité sociale sont modifiées, les droits statutaires à maintien de rémunération n’étant pas touchés par ces textes. Cette extension large tient à l’histoire de la mesure, passée par le Parlement avant de revenir par voie réglementaire.
Une mesure écartée par les députés, reprise par décret
L’article 29 du projet de loi de financement de la sécurité sociale pour 2026 prévoyait d’aligner ces arrêts sur le droit commun, soit 360 jours d’indemnités journalières sur trois ans. La commission des affaires sociales de l’Assemblée nationale a rejeté cet article le 31 octobre 2025, et un amendement de suppression a ensuite été adopté en séance.
Lors de cet examen en commission, le député Paul-André Colombani défendait le maintien du compteur de 1 095 jours d’indemnités journalières sur trois ans. Les auteurs d’un amendement de suppression relevaient de leur côté que ces arrêts augmentent de 6,4 % par an. Le rapporteur général avait au contraire qualifié la mesure d’équilibrée.
Je ne nie pas que des réductions de droits sont envisagées mais le caractère limité des modifications apportées au régime des affections de longue durée non exonérantes invite à être plus nuancé.
Thibault Bazin, rapporteur général du projet de loi de financement de la sécurité sociale pour 2026, en commission des affaires sociales de l’Assemblée nationale, le 31 octobre 2025
Le pouvoir réglementaire a finalement retenu une version différente de celle débattue : un régime dérogatoire maintenu mais ramené à un an, au lieu d’une suppression pure et simple. Le choix du décret laisse intactes d’autres règles déjà réformées cette année.
Ce que la réforme laisse inchangé
La réduction porte sur la durée de versement des indemnités, pas sur la durée de chaque prescription. Celle-ci obéit à des règles distinctes : depuis le 1er septembre 2026, les durées de prescription plafonnées à 31 et 62 jours encadrent déjà chaque arrêt initial et chaque renouvellement.
Les arrêts consécutifs à un accident du travail ou à une maladie professionnelle relèvent d’un régime d’indemnisation propre, dont le plafond de salaire servant au calcul baisse au 1er novembre 2026 en vertu d’un autre texte. Trois réformes successives touchent ainsi les arrêts en l’espace de deux mois, chacune avec sa propre date d’effet.
Une échéance qui se rapproche pour les arrêts en cours
Pour les arrêts en cours qui franchiront le cap des six mois dans les prochaines semaines, la fin de l’indemnisation interviendra bien plus tôt que sous l’ancien régime. Selon Service-Public, la qualification de l’affection reste le point de bascule entre un et trois ans, ce qui place l’échange avec le médecin traitant et le service médical de la caisse au centre de chaque dossier.
À lirePlus-value de la résidence principale : un terrain classé à bâtir peut rester une dépendance exonérée, juge le Conseil d’État le 30 septembre 2026Le maintien éventuel d’une rémunération par l’employeur ou par un contrat de prévoyance, la possibilité d’une pension d’invalidité ou d’une reprise à temps partiel thérapeutique deviennent des questions concrètes bien avant la troisième année. Une contestation de la qualification de l’affection ou d’une fin de versement relève de la compétence d’un avocat en droit de la sécurité sociale.